यातायात व्यवस्था विभागमा हाल विद्यमान संगठनीक संरचना अनुसार देहायका शाखाहरु रहेका छन् । प्रशासन, योजना, अनुगमन तथा मूल्यांकन शाखा सवारी अनुगमन, मापदण्ड तर्जुमा र सवारीचालक व्यवस्थापन, अन्तर प्रदेश समन्वय, अध्ययन-अनुसन्धान शाखा सूचना प्रवधि शाखा सवारी परीक्षण, अन्तरदेशीय यातायात व्यवस्थापन, यातायात र सवारी मापदण्ड निर्धारण शाखा सार्वजनिक यातायात, सडक सुरक्षा तथा यातायात सुदृढीकरण शाखा